La materia orgánica en el suelo está compuesta por residuos vegetales y animales y se encuentra principalmente en los primeros centímetros de profundidad y en el mantillo, junto con otras partículas finas, sustancias minerales y microorganismos de la zona superficial.
Esta es una fuente importante de nutrientes para los cultivos, el lugar donde viven los microorganismos y proporciona numerosos beneficios al suelo, ya que estabiliza su estructura aumentando el tamaño y la estabilidad de los agregados, favorece la porosidad y aumenta la circulación del aire y el agua, la respiración de las raíces, la capacidad de retención de agua y la capacidad de intercambio catiónico, favoreciendo la reserva de nutrientes del suelo a la vez que los solubiliza.
Cuando los microorganismos del suelo realizan la humificación de la materia orgánica se forma el humus. Este es el resultado de la descomposición de la materia orgánica fresca por parte de hongos y bacterias que actúan como un factor benéfico del suelo. El humus está formado por productos orgánicos de naturaleza coloidal y se caracteriza por su color marrón oscuro debido a la gran cantidad de carbono orgánico que contiene, presentando numerosos beneficios al aumentar notablemente la capacidad de intercambio catiónico, regular la salinidad y la acidez del suelo, producir sustancias como fenoles que contribuyen positivamente a la respiración del suelo, mejorar la absorción de fósforo y el control de patógenos, solubilizar minerales del suelo, aumentar la retención del agua, absorber compuestos tóxicos que llegan al suelo, formar el complejo arcillo-húmico, absorber calor evitando cambios bruscos de temperatura en el suelo y estimular el desarrollo vegetal.
Por último, los microorganismos del suelo mineralizan la materia orgánica, descomponiéndola y transformándola en sales minerales que nutren los cultivos.
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